医療科学研究所では、以下の研究会、懇談会を設けています。

1. 医療経済研究会
   医療科学に関する研究の発表、特に若手研究者の育成を目的に、定期開催しています。
2. 産官学少人数懇談会
   産官学に係わりのある国内外の重要な医療上の課題について、産官学の主要な人々による膝を交えての情報・意見交換の場を提供することを目的に、年数回開催しています。
3. 医療政策ヒストリー座談会
   医療に関連する諸制度を幅広く対象とし、当時の実務担当者にお集りいただき、その創設や改正についての立案プロセスや議論の集約などについて座談会やインタビューのかたちで残すことを目的として、年1回開催しています。